Los investigadores eliminan más de 100,000 nuevos virus, incluidos 9 coronavirus

Las bases de datos genómicas existentes están llenas de posibles pistas sobre futuras epidemias que podrían afectar a la humanidad.

En pocos meses, el SARS-CoV-2 y sus múltiples variantes han causado estragos sin precedentes en nuestro planeta, tanto es así que a más de dos años del inicio de la pandemia aún no hemos salido de apuros. Pero mientras que una apariencia de salida de la crisis finalmente parece estar en el horizonte, los virólogos han aprendido la lección; ahora buscan anticiparse a la llegada de las próximas amenazas. Este es el tema del trabajo de un equipo estadounidense descubierto por Futura; sus investigadores acaban de descubrir más de 100.000 nuevos virus, incluidos nueve coronavirus.

“Estas son obras fundamentales.”, dice sin rodeos el bioinformático Rodney Brister, no afiliado al estudio. “Esto demuestra lo poco que sabemos sobre este grupo de organismos.”, explica en la misma entrevista a la prestigiosa revista Science.

Para lograr esto, el bioinformático Artem Babaian y el experto en computación de alto rendimiento Jeff Taylor comenzaron recolectando una cantidad increíble de datos genómicos recopilados por investigadores de todos los ámbitos de la vida durante años. En total, se encontraron en posesión de 16 TB de análisis genéticos de diversos y variados organismos,desde peces hasta microbiota humana y suelo agrícola”.

El diablo está en los detalles

Pero lo que es aún más interesante que este inmenso registro genético son los tesoros escondidos en la marca de agua. Sabemos, por ejemplo, que la genoma del virus que infectan a los organismos en cuestión es también capturado durante la secuenciación. Sin embargo, este material genético tiende a mezclarse con la masa de datos producidos por la secuenciación y, por lo tanto, a pasar desapercibidos.

Y para los biólogos, es una verdadera angustia, porque saben muy bien que esta situación los priva de descubrimientos potencialmente importantes. Desafortunadamente, es simplemente inconcebible esperar desenredar toda esta información manualmente con la esperanza de tropezar con un genoma viral por casualidad. Naturalmente, Babaian y Taylor optaron por apostar por la informática de alto rendimiento.

Apostaron por la plataforma en la nube de Serratus, un sistema optimizado para la comparación de secuencias a muy gran escala. Gracias a esta formidable herramienta, lograron peinar esta montaña de datos en busca del gen de una enzima bastante especial: la polimerasa dependiente de ARN, una parte central de la maquinaria viral. Esto les permitió eliminar pequeños fragmentos de genes virales, dispersos por toda su base de datos.

Al compilar todo esto, pudieron rastrear las pistas que conducían a más de 100.000 virus nuevos, incluidos 9 de la famosa familia Coronaviridae. Tenga en cuenta que este es un gran familia de virus y que en la actualidad, no hay ninguna sugerencia de que estos nuevos representantes representen un riesgo para la salud pública.

Una “red de vigilancia” virológica

Esta es información parcial, que no mapea completamente el genoma como la secuenciación adecuada. Pero cada uno de ellos es una pieza de un gran rompecabezas evolutivo; los investigadores pueden explotarlos para reconstruir verdaderos árboles genealógicos virales.

Esta filiación es muy importante ante un nuevo microorganismo. De hecho, si uno puede identificar una relación con un virus ya documentado, es mucho más fácil entender cómo funciona y, si es necesario, tomar las medidas apropiadas dentro de un marco de tiempo aceptable. “Hemos transformado esta base de datos en un verdadero red de vigilancia virológica”, explica Babaian.

Este es precisamente el tipo de trabajo sustantivo del que carecíamos antes de la crisis del Covid-19. Siendo más proactivos en este tema, se podría haber evitado que la situación se convirtiera en un desastre tras la aparición de los primeros casos. Es de esperar que los investigadores continúen realizando estudios similares; es nuestra mejor arma para esperar responder a tiempo a futuras amenazas virales. Un día, este tipo de trabajo puede permitirnos combatir un microorganismo aún más peligroso de manera más efectiva sin que nos tomen por sorpresa.

El texto del estudio está disponible aquí.